我在年轻的时候，也曾和宝可梦一起巡游了整个卡洛斯地区。
对于那些因为没有拥有足够的生存资料而受苦的人们，我也曾对他们施以援手。
最初，他们非常感激，但渐渐地，索取就变得理所当然了。
还向我提出更过分的要求……
难道就这样容许那种愚蠢之徒慢慢将卡洛斯地区侵蚀殆尽吗？
世界上的人类和宝可梦的数量，都在稳定地慢慢增长。
但是，在这世上存在的，金钱及能源的数量是有限的。
是失去一切，还是拯救少数生命。
下决定的，并不是人类。
那么，就去使用神明的道具吧。
......
在研究所的资料室内，直树和希特隆找到了弗拉达利的笔记，也找到了一些有关卡洛斯地区过去的记录。
群山不会相交，但人们总会相见。
人类和宝可梦亦会交流。
很久以前，人类和宝可梦通力合作，催生出很多事物。
因此，在人类当中，出现了领导者。
在领袖的领导下，人们又创造出了更多的宝藏。
渐渐地，在人们当中，也出现了等级之分。
王之名为ＡＺ，意为起始，亦是终结。
他利用超越时代的技术，第一次统一了卡洛斯。
但是，富饶的卡洛斯再一次成为了争端的目标。
王也无法避免战争。
就连自己喜爱的宝可梦，他也不得不将其派上战场，参加这场混乱又丑恶的战争。
王也不得不把自己那令人骄傲的，过去曾让卡洛斯富饶起来的技术，以并非本意的形式，用在并非本意的地方……
曾经的国王，ＡＺ离开了。
ＡＺ有一位弟弟……
据说这位弟弟为了夺取卡洛斯，将觊觎着卡洛斯的外人，引入了自己的故土。
但是，当他在看到遭受战火摧残的卡洛斯之后，便将兄长ＡＺ的造物，掩埋到了地下。
曾经的王者，ＡＺ离开时，带走了一把钥匙。
这正是让最终兵器运作，所必须的物件。
而王的弟弟，将最终兵器的位置传达给子孙后，便离开了人间。
“那是神明所用之物，常人不可触碰。
我们能够做的，便是建立起一个，不需要此物的世界。”
ＡＺ在悲伤当中建造最终兵器的时候，留下了这样一段话。
“让所爱的宝可梦重生有何不可！为了令其复生，其他的宝可梦的生命也就毫无意义！”
......
“必须要阻止他们才行。”
“当然，我们不就是为了这个才来的吗？”
无论是弗拉达利还是AZ，直树都不在意，他们有他们的想法，直树有直树的想法。
这个世界虽然也有很多的瑕疵，但是瑕不掩瑜，和别的世界相比，这个拥有宝可梦的世界简直就美好得像是童话故事一样。绝对不能允许这些偏执狂毁灭这个美好的世界。
“啊哈哈！是卡洛斯发电厂那时候的那个有趣的训练家呢。和说好的一样，我们又见面啦！”拥有一头橙色头发的阿可碧挡住了两人的去路。她身边跟着一头大狼犬和一头赤面龙，她没有被小雪直接干掉大概就是托了大狼犬的福。
“抱歉，我现在可没有时间和你叙旧，前往下一层的电梯钥匙在谁身上？”
在游戏剧情中，电梯钥匙是在直树目前还没有见过的茉蜜姬身上的，只不过茉蜜姬在冰结洞窟被结成真重伤了，现在根本就不在这个研究所里。
“抱歉，这就不能告诉你了。”
“啧，沙奈朵，用魔法闪耀解决掉它们！”
“没关系的直树，我很快就能破解掉这座电梯的。”希特隆对于能不能拿到钥匙根本没有在意。
直树想起了每一代游戏的新手村里面的一个胖子的话：科学的力量真伟大！
乘坐电梯向下，直树和希特隆来到了弗拉达利研究所的底层。
“哦？来了意想不到的人呢！”
直树和弗拉达利的首次见面以这句话为开端。弗拉达利是一个面相威严的人，有一头火焰一样的红发，让人莫名想到火炎狮这只宝可梦。
“密阿雷道馆的现任道馆主希特隆，还有最近这段时间一直在阻碍闪焰队行动的少年，佐藤博士的儿子佐藤直树。”
“欢迎你们。世界终将走向终结……想要拯救所有生命是不可能的。只有被选中者才能获得通往明天的车票。你们是想要车票呢，还是想要阻止我呢？”
“可怜的疯子。”直树叹了一口气。
“希特隆，这边就拜托你了。”
“放心好了！”
直树的目标当然不可能是弗拉达利，一切的关键是闪焰队五名科学家中的唯一一名男性，也就是到目前为止一直都没有露面过的库瑟洛斯奇，他手里掌握着最终兵器的开关，他才是一切的关键。
“收到的 精灵球，收集的 宝可梦,全部 运送，等于 一切 准备 就绪。”
“哦哦！传闻中的你准备好了吗！对你的调查开始了！”